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遏制源頭、控制環境是食品企業消毒殺菌的關鍵環節。確定了消殺的對象，紀要追尋有害細菌、真菌、病毒等微生物的來源，從源頭解決微生物污染問題。
探尋源頭有兩個途徑：內源性和外源性。內源性控制需要在原料方面嚴格把控，要杜絕將不合格原料投入生產。外源性污染俗稱二次污染，治理外源性污染，首先應保證生產環境硬件達標，然后消除的滋生源。然后是控制人為因素，人為因素是復雜的，也是相對較難控制的，要建立完善的衛生制度、加強管理與培訓，消除人為因素造成的污染源。
對于食品生產企業來講，控制外源性污染難度甚至大過內源性污染，因此，做好二次污染防控對產品安全至關重要。而對于餐飲企業來講，很多食材要求新鮮、保質期短，甚至需要即采即用，生產要根據需要量和保鮮儲藏做好源頭控制，否則更容易造成內源性污染。在餐桌上生冷菜品一年四季都有，要根據不同季節做好食用前的滅菌防控工作，確保食品安全。
